Обзор программного обеспечения
ООО «Майлаборатори» осуществляет деятельность в сфере информационных технологий (ИТ), включая:
- разработку компьютерного программного обеспечения и оказание консультационных услуг (код ОКВЭД 62),
- обработку данных, а также предоставление информационных услуг (код ОКВЭД 63.1).
Компания разрабатывает собственное программное обеспечение для комплексного анализа данных высокопроизводительного секвенирования иммунных репертуаров. Наши инструменты постоянно совершенствуются и адаптируются под конкретные задачи пользователей в научных, прикладных и клинических проектах.
Разработка включает:
- полный цикл обработки данных: от первичной фильтрации до подготовки отчетов;
- статистический анализ репертуаров, поиск пересечений, визуализация в виде графиков и таблиц, пригодных для публикации;
- возможность кастомизации алгоритмов и интерфейсов под конкретные научные и клинические проекты.
Мы также предоставляем услуги по внедрению и технической поддержке биоинформатических решений, включая разработку индивидуальных рабочих процессов анализа.
Готовые ИТ решения
| Название ПО | Описание | Ссылки |
|---|---|---|
|
VDJtools |
Рассчитывает широкий спектр статистических показателей для отдельных иммунных репертуаров, выполняет анализ пересечений и визуализацию данных в табличной и графической форме. Поддерживает различные форматы анализа пересечений между репертуарами. Результаты, полученные с помощью VDJtools, представлены в виде подробных таблиц и графиков, пригодных для публикации. ПО включено в Единый Реестр Российских Программ для электронных вычислительных машин и баз данных. |
|
|
MIGEC |
Программное обеспечение для коррекции ошибок в данных секвенирования с использованием уникального молекулярного баркодирования (UMI). Автоматически устраняет артефакты амплификации и секвенирования, формирует готовые к публикации таблицы и графики. |
|
- Программное обеспечение разработано с использованием языков программирования Bash, Java, Groovy и R.
- ПО для анализа данных можно скачать бесплатно по ссылкам "Исходный код".
ООО “Майлаборатори” предлагает разработку индивидуальных ПО-решений под конкретные задачи
- Разработка программного обеспечения для анализа иммуногенетических данных, включая создание кастомных модулей;
- Внедрение решений в инфраструктуру заказчика: установка, настройка;
- Техническая поддержка и сопровождение программных решений, включая обновления, документацию и обучение персонала;
- Адаптация и кастомизация наших продуктов (MIGEC, VDJtools) под специфические задачи исследований;
- Консалтинг и разработка рабочих протоколов анализа данных с учетом требований к валидации и воспроизводимости результатов.
Обработка данных с использованием наших инструментов включает:
- автоматизированную фильтрацию и классификацию последовательностей;
- статистический анализ иммунных репертуаров, построение пересечений и сравнений между выборками;
- генерацию графиков и таблиц, пригодных для научных публикаций и презентаций.
Мы открыты к сотрудничеству и готовы разрабатывать индивидуальные решения в области анализа биомедицинских данных.
Разработанные нами решения уже внедрены и активно применяются в следующих направлениях:
- исследования Т- и B-клеточных репертуаров;
- проекты по аутоиммунным и инфекционным заболеваниям, в области онкологии и иммунологии;
- оценка иммунного ответа после вакцинации;
- разработка и контроль качества биомедицинских продуктов;
- обучение и образовательные проекты в области биоинформатики.
Примеры из практики
Наше программное обеспечение использовалось в ряде научных публикаций, включая:
| Область применения | Название статьи |
|---|---|
|
Оригинальная публикация VDJtools, с примерами применения ПО на данных здоровых доноров и доноров с рассеянным склерозом, цитирование более 651 раз |
VDJtools: Unifying Post-analysis of T Cell Receptor Repertoires Shugay M, Bagaev DV, Turchaninova MA, Bolotin DA, Britanova OV, et al. (2015) PLOS Computational Biology 11(11): e1004503. |
|
В исследовании рака молочной железы |
Regulatory T Cells Exhibit Distinct Features in Human Breast Cancer George Plitas Plitas et al., 2016, Immunity 45, 1122–1134 November 15, 2016 Elsevier Inc. |
|
Для оценки эффективности деплеции TRBV9+ Т-лимфоцитов для лечения болезни Бехтерева |
Targeted depletion of TRBV9+ T cells as immunotherapy in a patient with ankylosing spondylitis Olga V. Britanova, Kseniia R. Lupyr, Dmitry B. Staroverov, Irina A. Shagina, Alexey A. Aleksandrov, Yakov Y. Ustyugov, Dmitry V. Somov, Alesia limenko, Nadejda A. Shostak, Ivan V. Zvyagin, Alexey V. Stepanov, Ekaterina M. Merzlyak, Alexey N. Davydov, Mark Izraelson, Evgeniy S.Egorov, Ekaterina A. Bogdanova, Anna K. Vladimirova,Pavel A. Iakovlev, Denis A. Fedorenko, Roman A. Ivanov, Veronika I. Skvortsova, Sergey Lukyanov & Dmitry M. Chudakov. Nature Medicine volume 29, pages 2731–2736 (2023) |
|
В исследовании COVID-19 |
Blood molecular markers associated with COVID‐19 immunopathology and multi‐organ damage Yan‐Mei Chen, Yuanting Zheng, Ying Yu, Yunzhi Wang, Qingxia Huang, Feng Qian, Lei Sun, Zhi‐Gang Song, Ziyin Chen, Jinwen Feng, Yanpeng An, Jingcheng Yang, Zhenqiang Su, Shanyue Sun, Fahui Dai, Qinsheng Chen, Qinwei Lu, Pengcheng Li, Yun Ling, Zhong Yang, Huiru Tang, Leming Shi, Li Jin, Edward C Holmes, Chen Ding and Yong‐Zhen Zhang EMBO J (2020) 39: e105896 |
|
В исследованиях иммунного ответа на вакцинацию против гриппа |
Influenza vaccination stimulates maturation of the human T follicular helper cell response Yan-Mei Chen, Yuanting Zheng, Ying Yu, Yunzhi Wang, Qingxia Huang, Feng Qian,Lei Sun, Zhi-Gang Song, Ziyin Chen, Jinwen Feng, Yanpeng An, Jingcheng Yang, Zhenqiang Su,Shanyue Sun, Fahui Dai, Qinsheng Chen, Qinwei Lu, Pengcheng Li, Yun Ling, Zhong Yang,Huiru Tang, Leming Shi, Li Jin, Edward C Holmes2, Chen Ding, Tong-Yu Zhu1 Yong-Zhen Zhang The EMBO Journal 39: e105896 | 2020, Published online 14 December 2020, DOI 10.15252/embj.2020105896 |
|
Выявление рецепторов Т-клеток, участвующих в иммунных реакциях, по снимкам репертуара |
Influenza vaccination stimulates maturation of the human T follicular helper cell response Yan-Mei Chen1, Yuanting Zheng, Ying Yu, Yunzhi Wang, Qingxia Huang, Feng Qian, Lei Sun, Zhi-Gang Song, Ziyin Chen, Jinwen Feng, Yanpeng An, Jingcheng Yang, Zhenqiang Su1,Shanyue Sun, Fahui Dai, Qinsheng Chen Qinwei Lu, Pengcheng Li, Yun Ling, Zhong Yang,Huiru Tang, Leming Shi, Li Jin, Edward C Holmes, Chen Ding, Tong-Yu Zhu Yong-Zhen Zhang The EMBO Journal 39: e105896 | 2020, Published online 14 December 2020, DOI 10.15252/embj.2020105896 |
Контактные данные и реквизиты:
ООО «МАЙЛАБОРАТОРИ»
119571, Москва, Вн. Тер. Г. Муниципальный округ Тропарево-Никулино, пр-кт. Вернадского, д.96
ОГРН: 1157746631382
ИНН / КПП: 7728284086 / 772901001